感染症は途上国に滞在する場合に大きな健康問題となります。このうち食べ物や飲み物を介してうつる経口感染症は最も頻度が高く、下痢症は１ヶ月間の途上国滞在で20～60％の渡航者に発症するとされています。蚊に媒介されるデング熱やマラリアも頻度が高く、マラリアは西アフリカに滞在すると１ヶ月間で２～３％の罹患率になります。動物媒介感染症（狂犬病など）、性行為感染症、飛沫・空気感染症も途上国では注意すべき感染症です。